اين دانشگاه در مهر ماه سال 1334 شمسی با تاسيس دو دانشکده کشاورزی و پزشکی با نام گندی شاپور(جندی شاپور) شروع بکار نمود. در حقيقت نام دانشگاه برگرفته از نام نخستين دانشگاه جهانی جندی شاپور است که در شهر کهن گندی شاپور بين دزفول و شوشتر واقع شده بود. در سال 1362 پس از انقلاب اسلامی و وقوع جنگ تحميلی و به پاس قدر دانی از رشادتها و تلاشهای خستگی ناپذير سردار شهيد دکتر مصطفی چمران, نام دانشگاه به نام ايشان مزين گرديد.

اينک اين دانشگاه از نظر وسعت, تعداد دانشجو, اعضای هيات علمی و پرسنل خدماتی يکی ازشش دانشگاه بزرگ کشور محسوب می شود که بالغ بر 13000 نفر دانشجو, 477 نفر عضو هيات علمی در 15 دانشکده و 83 رشته کارشناسی, 42 رشته کارشناسی ارشد و 15 رشته دکتری مشغول فعاليت است.